Print Back
Payroll and Tax Pitfalls to Avoid by Year-End
Common payroll and tax mistakes Indonesian employers must avoid before year-end.

Payroll and Tax Pitfalls to Avoid by Year-End

December 2025

Managing payroll and taxes at the end of the year is not merely a financial routine. For companies in Indonesia, it is a crucial moment to ensure compliance with changing regulations while keeping employees satisfied. Even small mistakes can result in penalties, unexpected tax burdens, or disputes with staff.

Below are some of the most common pitfalls employers should watch out for as year-end approaches and how to avoid them.

 

1. Benefits-in-Kind (Natura) Misunderstanding
Since mid-2023, through PMK 66/2023, most non-cash benefits provided by employers, such as housing facilities, private vehicles, or meal and travel allowances, are now treated as taxable income for employees.

However, certain benefits remain exempt from tax, such as uniforms, office meals provided equally to all staff, or company shuttle buses. In addition, some facilities (for example, a company car) may also be excluded under specific conditions, such as when the employee is not a shareholder and earns below a certain income amount.

The shift means companies can no longer treat non-cash perks as tax-free. For example, if a company provides housing to an employee but fails to include it in taxable income, this creates an under-reporting issue that could trigger penalties, back taxes, or audit findings.

To mitigate the risk, employers should:

  • Clearly distinguish which benefits are taxable and which are exempt.
  • Update payroll policies and systems to capture all taxable benefits.
  • Regularly review benefit programs to avoid hidden liabilities.

 

2. New Payroll Tax Method (Effective Tax Rate)

In January 2024, Indonesia introduced the Effective Tax Rate (TER) system for calculating PPh 21. Instead of performing detailed monthly calculations, employers now apply a fixed percentage directly to an employee’s gross monthly income from January to November.

For example, an unmarried employee earning IDR 10 million falls into the 5% bracket, meaning IDR 500,000 must be withheld for PPh 21. The rates increase gradually for higher salaries, up to 35%. For employees who are married or have dependents, the brackets may be lower, reflecting their higher non-taxable income threshold.

It is important to note that these brackets are set and published by the Directorate General of Taxes and may change as regulations are updated. Employers must ensure payroll systems are aligned with the official tables and that employee marital or dependent information is kept current.

Failing to use the correct rate, either by applying the wrong bracket or overlooking employee status updates, can result in under-withholding (leading to penalties and back taxes) or over-withholding (causing reduced employee take-home pay and potential disputes). To stay compliant, companies should:

  • Ensure payroll software reflects the latest TER brackets.
  • Keep employee marital and dependent information updated.
  • Reconcile payroll data to confirm accurate withholdings.

 

3. THR (Holiday Allowance) Compliance

Tunjangan Hari Raya (THR) is a mandatory benefit in Indonesia, regulated by the Ministry of Manpower. It must be paid at least seven days before the relevant religious holiday, and applies to all eligible employees, including those who resign mid-year but are entitled to a prorated amount.

Failure to pay THR correctly has become a recurring source of disputes. Each year, hundreds of companies are reported for late or incomplete THR payments, often facing fines, reputational damage, and strained employee relations.

At year-end, it is critical for businesses to:

  • Review whether all THR obligations have been fulfilled across the year.
  • Ensure proper documentation, including payments to employees who resigned but still qualified.
  • Factor THR into payroll reconciliation to avoid liabilities carrying forward into the next financial period.

 

HOW MOORES ROWLAND INDONESIA CAN HELP

Avoiding payroll and tax pitfalls requires more than routine administration, it demands technical accuracy, regulatory awareness, and consistent execution. Moores Rowland Indonesia provides comprehensive services designed to keep your business aligned with current laws and free from unnecessary risks.

Our service includes:

  • Payroll Outsourcing : ensuring accurate salary calculations, proper treatment of benefits, BPJS contributions, and timely employee tax withholdings.
  • Tax Compliance & Advisory : covering PPh 21 calculations, monthly and annual tax reporting, and guidance on applying the latest regulations such as PP 58/2023 and PMK 66/2023.
  • Data Reconciliation & Year-End Reporting : helping companies review payroll data, reconcile bonuses, allowances, and THR payments, and prepare reports that satisfy both regulators and employees.

By partnering with Moores Rowland Indonesia, companies can reduce administrative burdens, minimize compliance risks, and ensure employees are paid correctly and on time, building stronger trust within the organization.

End the year with peace of mind. With Moores Rowland Indonesia, you can manage payroll and taxes more easily and accurately. Contact us today for a free consultation.

---

 

Waspadai ‘Jebakan’ Payroll dan Pajak di Akhir Tahun

 

Mengelola payroll dan pajak di akhir tahun bukan sekadar rutinitas finansial. Bagi perusahaan di Indonesia, momen ini menjadi krusial guna memastikan kepatuhan terhadap regulasi yang terus berubah sekaligus menjaga kepuasan karyawan. Kesalahan kecil sekalipun dapat berakibat pada sanksi, beban pajak tambahan, atau bahkan perselisihan dengan karyawan.

Berikut adalah beberapa kesalahan umum yang sering terjadi menjelang akhir tahun, serta langkah pencegahannya.

 

1. Kesalahpahaman atas Pemberian Natura (Benefits-in-Kind)
Sejak pertengahan 2023, melalui PMK 66/2023, sebagian besar fasilitas atau manfaat non-tunai yang diberikan perusahaan, seperti fasilitas rumah, kendaraan pribadi, hingga tunjangan makan dan transportasi, dianggap sebagai penghasilan kena pajak bagi karyawan.

Namun, ada juga manfaat yang tetap dikecualikan dari pajak, misalnya seragam kerja, makan siang bersama yang diberikan merata, atau transportasi antar-jemput karyawan. Selain itu, fasilitas tertentu (contohnya mobil dinas) juga bisa dikecualikan dalam kondisi khusus, seperti ketika karyawan bukan pemegang saham dan memiliki penghasilan di bawah batas tertentu.

Perubahan ini membuat perusahaan tidak bisa lagi menganggap fasilitas non-tunai sebagai bebas pajak. Misalnya, jika perusahaan memberikan fasilitas rumah tetapi tidak mencatatnya sebagai penghasilan kena pajak, maka akan terjadi under-reporting yang dapat menimbulkan sanksi, kekurangan bayar, hingga temuan saat audit.

Untuk mengurangi risiko, perusahaan sebaiknya:

  • Memilah dengan jelas mana manfaat yang kena pajak dan mana yang tidak.
  • Memperbarui kebijakan dan sistem payroll agar mencatat seluruh manfaat kena pajak.
  • Melakukan evaluasi rutin terhadap program manfaat untuk mencegah kewajiban tersembunyi.

 

2. Metode Baru Perhitungan PPh 21 (Effective Tax Rate)

Per Januari 2024, Indonesia menerapkan sistem tarif efektif (Effective Tax Rate/TER) dalam penghitungan PPh 21. Alih-alih perhitungan rinci setiap bulan, perusahaan kini cukup menerapkan persentase tertentu langsung pada penghasilan bruto karyawan dari bulan Januari hingga November.

Sebagai contoh, karyawan lajang dengan gaji Rp10 juta per bulan dikenakan tarif 5%, sehingga PPh 21 yang harus dipotong adalah Rp500 ribu. Tarif ini meningkat bertahap hingga maksimal 35% untuk penghasilan lebih tinggi. Bagi karyawan yang sudah menikah atau memiliki tanggungan, tarif bisa lebih rendah karena adanya tambahan Penghasilan Tidak Kena Pajak (PTKP).

Perlu dicatat, tarif ini ditetapkan dan dipublikasikan oleh Direktorat Jenderal Pajak, serta dapat berubah mengikuti regulasi terbaru. Perusahaan wajib memastikan sistem payroll selaras dengan tabel resmi serta data status pernikahan maupun jumlah tanggungan karyawan dengan data terkini.

Kesalahan dalam penerapan tarif, baik karena bracket yang salah atau data status karyawan yang tidak diperbarui, dapat menyebabkan kurang potong (berujung sanksi dan kekurangan bayar) atau lebih potong (yang berakibat pada menurunnya gaji bersih karyawan). Untuk tetap patuh, perusahaan perlu:

  • Memastikan software payroll sudah mengacu pada tarif TER terbaru.
  • Menjaga data status pernikahan dan tanggungan karyawan selalu diperbarui.
  • Melakukan rekonsiliasi data payroll di akhir tahun untuk memastikan pemotongan pajak akurat.

 

3. Kepatuhan Pembayaran THR (Tunjangan Hari Raya)

Tunjangan Hari Raya (THR) merupakan kewajiban perusahaan di Indonesia yang diatur oleh Kementerian Ketenagakerjaan. THR harus dibayarkan paling lambat tujuh hari sebelum hari raya keagamaan terkait, dan berlaku untuk semua karyawan yang memenuhi syarat, termasuk mereka yang mengundurkan diri di tengah tahun namun tetap berhak menerima secara prorata.

Kegagalan membayar THR dengan benar menjadi salah satu sumber permasalahan berulang tiap tahun. Setiap tahun, sejumlah perusahaan dilaporkan menghadapi sanksi karena keterlambatan atau kekurangan dalam pembayaran pajak karyawan, yang dapat berimplikasi pada denda maupun reputasi perusahaan. Oleh sebab itu, perusahaan sebaiknya:

  • Memastikan semua kewajiban THR sudah dipenuhi sepanjang tahun.
  • Menyimpan dokumentasi yang lengkap, termasuk pembayaran untuk karyawan yang sudah resign tetapi masih berhak.
  • Memasukkan komponen THR dalam rekonsiliasi payroll agar tidak menimbulkan kewajiban di periode berikutnya.

 

BAGAIMANA MOORES ROWLAND INDONESIA DAPAT MEMBANTU

Menghindari kesalahan dalam payroll dan pajak membutuhkan lebih dari sekadar administrasi rutin. Diperlukan ketelitian teknis, pemahaman regulasi, serta konsistensi dalam pelaksanaannya. Di sinilah Moores Rowland Indonesia hadir dalam menyediakan layanan yang komprehensif untuk memastikan bisnis Anda selalu selaras dengan regulasi terkini serta terhindar dari risiko yang tidak perlu.

Layanan kami mencakup:

  • Payroll Outsourcing : memastikan perhitungan gaji akurat, perlakuan manfaat sesuai aturan, kontribusi BPJS tepat, dan pemotongan pajak karyawan dilakukan tepat waktu.
  • Tax Compliance & Advisory : mencakup perhitungan PPh 21, pelaporan pajak bulanan dan tahunan, serta panduan penerapan regulasi terbaru seperti PP 58/2023 dan PMK 66/2023.
  • Rekonsiliasi Data & Pelaporan Akhir Tahun : membantu perusahaan meninjau data payroll, merekonsiliasi bonus, tunjangan, dan pembayaran THR, serta menyiapkan laporan yang memenuhi kebutuhan regulator maupun karyawan.

Dengan bekerja sama bersama Moores Rowland Indonesia, perusahaan dapat mengurangi beban administrasi, meminimalkan risiko kepatuhan, serta memastikan karyawan menerima gaji dengan benar dan tepat waktu.

Akhiri tahun dengan tenang. Bersama Moores Rowland Indonesia, Anda dapat mengelola payroll dan pajak dengan lebih mudah dan tepat. Hubungi kami sekarang juga untuk konsultasi gratis.